En algún momento del siglo XXI, el planeta fue dominado por las corporaciones, la corrupción, los robots y la inteligencia artificial. Los crímenes tecnológicos y el ciberterrorismo son cada vez más recurrentes y sus repercusiones amenazan la existencia de la vida en la tierra, en todas sus formas. Para contrarrestar este peligro, el departamento de seguridad de Japón creó la Sección Nueve: un escuadrón de élite cuyo integrante más destacado es la Mayor Motoko Kusanagi. Ella es un cíborg con cerebro totalmente artificial, lo que la provee de habilidades únicas para enfrentar a un poderoso hacker que amenaza la seguridad mundial.